โรงเรียนมินเดอร์พัฒนาศึกษาจัดกิจกรรมการเรียนการสอนในชั้นเรียนและการจัดประสบการณ์การเรียนรู้ทั้งในและนอกห้องเรียนหลักสูตรมินเดอร์พัฒนาศึกษาคำนึงถึงหลักการเรียนรู้ตามธรรมชาติของสมองของ Eric Jensen และทฤษฎีพหุปัญญา Multiple Intelligences ของ Howard Gardner ด้วยแนวคิดหลักการธรรมชาติ
สมองของ Eric Jensen ถูกนำมาใช้เป็นกรอบแนวทางการวางแผนการสอนในขณะที่แนวคิดทฤษฎีพหุปัญญาของ Howard Gardner จะมุ่งเน้นที่การสร้าง
คุณลักษณะอันพึงประสงค์ที่จะเกิดกับตัวผู้เรียนในสภาพแวดล้อมที่กระตุ้นส่งเสริมปัญญาหรือกระตุ้นสมองในแต่ละด้านให้ได้รับการพัฒนา
เราใช้กระบวนการเรียนการสอนที่เน้นผู้เรียนเป็นสำคัญโดยให้นักเรียนเรียนรู้โดยการลงมือกระทำเองเปิดโอกาสให้นักเรียนทุกคนได้เรียนรู้และฝึกใช้ปัญญาในด้านที่ตนถนัด ที่โรงเรียนสิ่งแวดล้อมรอบๆ ตัวผู้เรียนเป็นเสมือนแหล่งเรียนรู้ที่ผู้เรียนสามารถศึกษาได้ทุกสถานที่ทุกเวลาและทุกโอกาสทั้งในและนอกห้องเรียน การเรียนรู้จึงไม่จำเป็นต้องอยู่เฉพาะในห้องเรียนเท่านั้น
นอกจากนั้น นักเรียนจะได้รับการส่งเสริมพลังสมองความฉลาดทางด้านปัญญาในการเข้าใจตนเอง (Intrapersonal Intelligence) และปัญญาในด้านการมีมนุษย์สัมพันธ์ (Interpersonal Intelligence) โรงเรียนเน้นบทบาทในการที่ผู้สอนจะต้องพัฒนาผู้เรียนให้เติบโตเป็นมนุษย์ที่มีความสมดุลไม่ใช่สมองโตเพียงอย่างเดียว โดยเน้นการพัฒนาทั้ง 4 ด้าน คือ ร่างกาย อารมณ์ สังคม และสติปัญญา การรู้จักตนเอง การมีเป้าหมายและความฝัน เชาวน์ปัญญาที่ถนัด และการมีจุดมุ่งหมายในชีวิต ตลอดจนสามารถมีปฏิสัมพันธ์ระหว่างกันในสังคม มีเพื่อนและมีความเข้าอกเข้าใจผู้อื่น
โรงเรียนมินเดอร์พัฒนาศึกษาของเรายังเน้นการสอนความเข้าใจและปัญญาทางด้านธรรมชาติเนื่องจากเราเห็นความสำคัญของธรรมชาติที่เสื่อมโทรมลง โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากภาวะโลกร้อนที่ทำให้
เกิดภัยพิบัติเพิ่มขึ้นทุกปี โรงเรียนมินเดอร์พัฒนาศึกษาจึงจำเป็นที่จะพัฒนาผู้เรียนให้ครบทุกด้านโดยใช้นวัตกรรมมินเดอร์สุข-เรียนรู้ ซึ่งไม่ใช่เป็นเพียงนวัตกรรมการจัดการเรียนการสอนโดยคำนึง
ถึงการพัฒนาสมองเป็นฐานแต่เพื่อนักเรียนโรงเรียนมินเดอร์พัฒนาศึกษาจะเป็นพลเมืองไทยและพลเมืองโลกที่ดีภายใต้การดำเนินชีวิตด้วยปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียงและมีจิตสาธารณะ เมื่อผู้เรียน
เรียนรู้อย่างมีความสุข สารเคมีในสมองที่เชื่อมโยงความสุขและการเรียนรู้ก็จะถูกปลดปล่อยออกมากระตุ้นสมองซึ่งจะทำให้การเรียนรู้ยั่งยืนและมีประสิทธิภาพตามเป้าหมายของโรงเรียน
